De bestuurlijke organisatie van het waterkwaliteitsbeleid is complex, met veel verschillende actoren, op verschillende schaalniveaus. De haalbaarheid van de doelen uit het waterbeleid is sterk afhankelijk van andere sectorale beleidsdomeinen, zoals de landbouw, industrie en huishoudens.

Het intensieve gebruik van het water en de omgeving rondom het water legt druk op de waterkwaliteit. De zorg voor voldoende schoon water is een uitdaging voor waterbeheerders en drinkwaterbedrijven. Zij stuiten met enige regelmaat op nieuwe of relatief onbekende stoffen waarvan niet bekend is welke effecten ze kunnen hebben op het waterecosysteem en de mensen en dieren die daarvan afhankelijk zijn. Vaak gaat het niet zozeer om nieuwe stoffen, als wel om stoffen die nog niet eerder zijn opgemerkt.

De Nederlandse bevolking gebruikt steeds meer medicijnen. Dit gebruik zal hoogstwaarschijnlijk door de toenemende vergrijzing in de komende decennia verder toenemen. Daarom komen via het toilet, het riool en rioolwaterzuiveringsinstallaties (rwzi’s) steeds meer medicijnresten in het oppervlaktewater terecht. Uit wetenschappelijk onderzoek blijkt dat lage concentraties van medicijnresten al nadelige effecten kunnen hebben op aquatische organismen.

Microplastics zijn een gevarieerde groep deeltjes die gekenmerkt worden door een maximale omvang van 5 millimeter, waarbij de hele kleine deeltjes (≤100 nanometer) ook wel nanoplastics worden genoemd. Microplastics breken nauwelijks af in het milieu en zijn slecht tot zeer slecht wateroplosbaar. Ze bestaan grotendeels uit synthetische polymeren waar additieven, pigmenten, oliën, vulstoffen en andere productverbeteraars aan toegevoegd kunnen zijn.

Gewasbeschermingsmiddelen worden toegepast in de land- en tuinbouw, door particulieren en door overheden, zoals gemeenten. Deze middelen kunnen langs een groot aantal routes in het oppervlaktewater terechtkomen. Te hoge concentraties kunnen een probleem vormen voor het gebruik van het water voor bijvoorbeeld drinkwater of voor de planten en dieren die in het water leven.

Gewasbeschermingsmiddelen in grondwater worden beschreven in gelijknamige pagina

Drinkwater wordt gemaakt van grond- en oppervlaktewater. Bescherming van deze bronnen is essentieel voor de productie van schoon drinkwater.

Grondwater heeft vele functies, waaronder de drinkwaterwinning, landbouw, industrie, natuur en energie. Er moet voldoende zijn, van een goede kwaliteit.

Oppervlaktewater wordt door mensen op veel manieren gebruikt, bijvoorbeeld voor recreatie, als vaarwater of voor drinkwater. Daarnaast is het een belangrijke habitat voor een grote verscheidenheid aan planten en dieren. Deze verschillende functies van het water stellen eisen aan de hoeveelheid verontreinigende stoffen die mogen vóórkomen. Voor verontreinigende stoffen in grondwater, zie gelijknamige pagina.

De biologische kwaliteit is binnen de Kaderrichtlijn Water het belangrijkste onderdeel van de beoordeling van het oppervlaktewater. De biologische kwaliteit is een maat voor het vóórkomen van de planten en dieren die van nature in het water thuishoren.

Nutriënten zijn voedingsstoffen die van nature in oppervlakte- en grondwater voorkomen, maar ook door menselijke activiteiten in het milieu terechtkomen. Bij overmatige aanwezigheid in het oppervlaktewater veroorzaken zij algenbloei en kunnen ze een negatief effect hebben op de planten en dieren die er van nature thuishoren. De belangrijkste nutriënten zijn stikstof en fosfor.